超算云
AI智算云
返回列表研究目的
為了研究蛋白質構象的搜索和中藥藥物小分子的篩選。利用增強采樣方法和馬爾科夫態模型搜索蛋白質結構域的變化，獲得整個蛋白質構象轉變的動力學過程，并對所獲得的構象進行聚類遴選出潛在的藥物靶點結合位置。然后采用深度學習方法，建立蛋白質-配體復合物的結構與結合自由能的關系，利用已有的數據庫訓練深度學習多層神經網絡，從大量數據中篩選出有效的中藥分子結構。
平臺使用&研究方法
通過AI云的GPU加速分子動力學模擬了在結合配體分子后的結構域變化,再使用超算云系統自帶的Gromacs軟件，將計算量達到微秒的模擬時間尺度。
